Par arrêté du 3 août 1996, le Gouvernement Comorien a totalement réformé les droits de douane et taxes en vigueur aux Comores, en supprimant le système précédent et en établissant un nouveau système plus simple. Il existe seulement deux taxes à la place de cinq. Le taux moyen est de 20 % contre 45 % auparavant.

Cette décision fait suite à des entretiens entre le chef de l’Etat et les organisations patronales qui s’engagent à respecter ces nouveaux tarifs. Principale source de revenus de l'Etat à hauteur de 70 %, les droits de douanes génèreront des recettes estimées à 10 Mds Fc (800 à 850 M Fc de moyenne mensuelle). La Cotecna est chargée de mettre en oeuvre le système de vérification et de contrôle des importations aux Comores dans le cadre du contrat signé avec le gouvernement comorien, en dépit de problèmes certains.

En plus de ces droits et taxes, l’importateur sera redevable de " la patente d’importation ", exigible avant le " bon à enlever ". Elle s’élève à 1 % de la valeur CAF (décision n° 96-05 du 2 août 1996).

Elle équivaut à l’ancienne taxe, l’IBD (Impôt sur les bénéfices divers), calculé sur la valeur CAF. Elle n'entre pas dans les compétences de la Cotecna et est dont calculée et perçue dans des conditions imprécises.

Pour mémoire, l’ancien système :

Essence, pétrole, gazole (rubrique 27100001 à 7) ont une taxe unique calculée par litre

(1) Le pourcentage de 100 % s’applique seulement sur les alcools ;

S’appliquent en plus des droits d’accises spécifiques de 50 % calculés sur la valeur CAF + DD

- R.A.U. (Redevance Administrative Unique) correspond en fait à des frais de formalités. Elle est encaissée par le Département des Douanes

- la TCA (Taxe sur le Chiffre d’affaires) ; elle est encaissée par le département des impôts

- l’IBD (l’import sur les bénéfices) va également au département des impôts.

Ces 2 dernières taxes ont pour origine l’absence de tenue de comptabilité par la plupart des entreprises. Les chiffres d’affaires et les bénéfices des entreprises ne sont jamais connus. Il en résulte une perte de rentrées fiscales pour l’état. Pour encaisser au moins quelque chose, les taxes sont donc prélevées à l’entrée des marchandises. Ceci représente une perte pour l’état puisqu’elles ne sont pas calculées sur la valeur de revente mais sur la valeur CAF