La lèpre est très endémique surtout sur l'île d'Anjouan, où est recensée la majorité des cas (près de 500 personnes). Si le taux de prévalence est presque nul (moins d'un cas pour 10 000 habitants), le taux de détection demeure par contre au cours de ces dix dernières années très élevées 3,6 cas pour 10 000 habitants, soit 60 à 102 cas par an. La persistance de cette transmission de la lèpre se traduit en 2000 par la proportion de nouveaux cas de formes multi-bacillaires soit 35 %, parmi lesquels 28 % sont des enfants. Cette situation est due à la brièveté des schémas de traitement utilisé aux Comores jusqu'en mars 2001. Au cours de cette année, les Comores ont adopté le schéma de traitement PCT de la lèpre préconisé par l'ONU et ainsi les Comores comptent éliminer la lèpre d'ici l'an 2003 .